电气与自动化工程学院成立于2002年1月，其前身是机电系，始建于1979年9月，后经历电气工程系、电气与信息工程学院、电气工程学院、电气与电子工程学院、电气与自动化工程学院几个发展阶段。

1993年12月11日，经国务院学位委员会第十二次会议批准，我校成为硕士学位授予单位。铁道牵引电气化与自动化被批准为我校首批硕士学位授予点，于1995年招收硕士研究生，同年被确定为江西省重点学科，1997年更名为交通信息工程及控制。

2006年3月，电气工程硕士学位授权一级学科获得批准。

2010年3月，控制科学与工程硕士学位授权一级学科获得批准。

2013年华东交通大学被增列为博士学位授予单位，控制科学与工程、交通运输工程等2个学科为博士学位授权一级学科。

2014年，控制科学与工程学科获批博士后科研流动站。
2017年，交通运输工程入选江西省一流学科（优势型），控制科学与工程入选江西省一流学科（成长型）。

2017年，在教育部第四轮评估中，控制科学与工程、交通运输工程同为B-（全国30%~40%）。